blog

科学家对Axolotl Genome的最大基因组进行了测序

<p>受伤后,蝾螈可以在正确的位置重新生长骨骼,肌肉和神经墨西哥蝾螈Ambystoma mexicanu基因组的解码将为研究人员提供关于组织再生过程的关键见解©IMP由科学家领导的一组研究人员维也纳,德累斯顿和海德堡已经解码了墨西哥蝾螈蝾螈的整个遗传信息</p><p>蝾螈基因组是有史以来最大的基因组序列,将成为研究再生四肢和其他形式再生的分子基础的有力工具</p><p>长期以来作为发育,再生和进化研究的宝贵生物模型特别是,墨西哥蝾螈Ambystoma mexicanum因其惊人的身体部位再生能力而受到特别关注如果同类相食的动物失去肢体,它将重新生长一个完美的替代品几周内,在正确的地方完成骨骼,肌肉和神经甚至更有意思的是,蝾螈可以修复断裂的脊髓和视网膜组织这些品质和相对容易的繁殖使它成为最受欢迎的生物模型,在实验室培养了150多年研究再生的进化最大的蝾螈群体之一由现任维也纳分子病理学研究所(现任维也纳分子病理学研究所)的田中小姐维持的Tanaka小组位于德累斯顿工业大学德累斯顿DFG再生疗法中心和马克斯普朗克分子细胞研究所生物学和遗传学(MPI-CBG)直到2016年正在研究肢体和脊髓再生的分子细胞生物学以及这些机制是如何进化的</p><p>多年来,该团队已经为蝾螈开发了一个广泛的分子工具包,包括揭示蛋白质的综合转录组数据</p><p> - 动物基因组中的编码序列使用这些工具,Elly Tanaka和她的同事能够识别启动再生的细胞控制和描述控制过程的分子途径为了充分了解再生并找出为什么它在大多数物种中如此受限,科学家们需要获得基因组数据来研究基因调控和进化到目前为止,蝾螈基因组已经避免了完整装配,由于其庞大的规模:320亿碱基对,它比人类基因组大十倍以上使用现有工具的序列组装过程被这个基因组中的大量重复序列所困扰</p><p>测序的挑战最大的基因组由Elly Tanaka(IMP),Michael Hiller和Gene Myers(均为MPI-CBG)以及海德堡理论研究所(HITS)的Siegfried Schloissnig领导的国际研究团队现已对测序,组装,注释和分析了完整的axolotl基因组,这是有史以来最大的基因组解析使用PacBio平台,这是一种产生长读数的测序技术,可以跨越大的重复序列在DRESDEN概念基因组中心,共有72 435 954个读数被测序,MPI-CBG和TU Dresden软件系统之间的联合操作由Gene Myers和Siegfried Schloissnig与他在海德堡的团队共同开发</p><p>用于从这些数百万件中组装基因组能够完成整个项目的强大测序机由Klaus Tschira基金会和马克斯普朗克协会提供资金对组装基因组的分析发现了几个似乎指向其独特性的特征</p><p> axolotl:研究人员发现,仅存在于蝾螈和其他两栖动物物种中的几种基因在再生肢体组织中表达最引人注目的是,一种名为PAX3的基本发育基因在基因组中完全缺失,其功能已被另一种基因所取代</p><p> PAX7这两个基因在肌肉和神经发育中发挥着关键作用“我们现在掌握了地图,以研究如何腿部等复杂的结构可以重新生长“,该研究的共同第一作者,IMP的博士后研究员Sergej Nowoshilow说道</p><p>”这是使用axolotl的科学家群体的一个转折点,这是一个真正的里程碑</p><p> 150多年前开始的研究冒险“现在公开获得的蝾螈基因组序列是全世界研究组织再生的研究人员的有力资源出版物:Sergej Nowoshilow,et al,“蝾螈基因组和关键组织形成调节剂的进化”,Nature,2018; doi:101038 / nature25458来源:

查看所有